Από την ιστορική Μονή Αρκαδίου, με την υπέροχη αναγεννησιακή αρχιτεκτονική και το Μουσείο - αξίζει να κάνετε μια μεγαλύτερη στάση εκεί - η διαδρομή εκτείνεται ανατολικά, περνάει από το βόρειο τμήμα του αρχαιολογικού χώρου της Ελεύθερνας. Οι ανασκαφές στην Αρχαία Ελεύθερνα έχουν φέρει στο φως εξαιρετικά ευρήματα διαφόρων χρονολογικών περιόδων, τα οποία εκτίθενται στο νέο Μουσείο Ελεύθερνας, το οποίο βρίσκεται κοντά στην είσοδο του αρχαιολογικού χώρου. 

 

Από το χωριό Ελεύθερνα ένας χωματόδρομος πηγαίνει βόρεια προς την κατεύθυνση του σκεπαστού νεκροταφείου στη θέση Ορθή Πέτρα, σε απόσταση περίπου 1 χλμ. Στην ίδια περίπου απόσταση βορειότερα σώζεται μια υπέροχη γέφυρα της ελληνιστικής περιόδου. Ένα μονοπάτι από την Ορθή Πέτρα, ανηφορίζει προς το Πυργί, την Ακρόπολη της αρχαίας πόλης, περνώντας από το υπόγειο υδραγωγείο και τα ερείπια της βυζαντινής εκκλησίας της Αγίας Άννας. Πριν από το Πυργί, το μονοπάτι διακλαδίζεται ανατολικά προς το μέρος που ονομάζεται Κατσίβελος, όπου έχει ανασκαφεί ένα μεγάλο μέρος της πόλης, με δρόμους και ερείπια ωραίων κτιρίων, καθώς και μια μεγάλη χριστιανική βασιλική, αυτή του Μιχαήλ Αρχαγγέλου. Η εκκλησία χτίστηκε στη θέση ενός παλαιότερου ελληνιστικού ιερού. Εδώ, το μονοπάτι συναντά τον χωματόδρομο που οδηγεί νότια προς τον κεντρικό δρόμο, περνώντας πρώτα από το νεκροταφείο του χωριού Αρχαία Ελεύθερνα με τη βυζαντινή εκκλησία της Σωτήρα Χριστού.

 

Στη συνέχεια το μονοπάτι διασχίζει το φαράγγι των Μαργαριτών και ανηφορίζει προς το χωριό, ένα όμορφο χωριό με αρκετές βυζαντινές εκκλησίες και βενετσιάνικα αρχοντικά, που διακρίνεται επίσης για τη μακρά παράδοση στην παραγωγή κεραμικών. Η παράδοση αυτή χρονολογείται τουλάχιστον από τα χρόνια της οθωμανικής κυριαρχίας και καθιστά το χωριό Μαργαρίτες το σημαντικότερο κέντρο κεραμικής της Δυτικής Κρήτης. Εδώ, μεταξύ πολλών άλλων, μπορείτε να επισκεφθείτε τις βυζαντινές εκκλησίες του Αγίου Γεωργίου (14ος αιώνας), του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου (1383) και του  Σωτήρα Χριστού.