Βρίσκεται στην καρδιά του ιστορικού κέντρου του Ρεθύμνου και στεγάζεται στην βενετσιάνικη εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου. Τα ευρήματα που εκτίθενται στο χώρο του Μουσείου χρονολογούνται από τη νεολιθική εποχή μέχρι την εποχή της ρωμαϊκής κυριαρχίας. Η συλλογή περιλαμβάνει ευρήματα από σπηλιές, οικισμούς και νεκροταφεία της μινωικής εποχής, καθώς και αντικείμενα από τις γεωμετρικές, αρχαϊκές, κλασικές, ελληνιστικές και ρωμαϊκές εποχές που έφεραν στο φως αρχαιολόγοι κατά τις ανασκαφές στις αρχαίες πόλεις και τους οικισμούς από την ευρύτερη περιοχή. Μερικά από τα σπουδαιότερα εκθέματα είναι το κράνος που καλύπτεται από δόντια αγριόχοιρου, οι λειψανοθήκες από το υστερομινωικό νεκροταφείο των Αρμένων, το άγαλμα της Αφροδίτης από την Αργυρούπολη, οι σφραγίδες και οι συλλογές χρυσών κοσμημάτων και νομισμάτων, συμπεριλαμβανομένων και μερικών από τα παλαιότερα όργανα πλοήγησης.

Το μουσείο στεγάζεται σε ένα βενετσιάνικο κτίριο του 17ου αιώνα, το οποίο έχει χαρακτηριστεί ως διατηρητέο μνημείο από το Υπουργείο Πολιτισμού. Θα δείτε όμορφες συλλογές παραδοσιακών χειροτεχνημάτων και υφασμάτων, καλάθια, κεραμικά, ιστορικά κειμήλια, έγγραφα, φωτογραφίες, λάβαρα, χάρτες, όπλα, νομίσματα, καθώς και ενδιαφέροντα αρχιτεκτονικά στοιχεία όπως η πέτρινη σκάλα στην αυλή, η αίθουσα με τις δύο σειρές βενετσιάνικων παραθύρων και η κουζίνα με την καμινάδα και θα απολαύσετε τον όμορφο κήπο.

Η συλλογή του Μουσείου αποτελεί μια εισαγωγή στην εκκλησιαστική και πολιτιστική κληρονομιά του Ρεθύμνου. Στο μουσείο θα βρείτε 152 εκθέματα τα οποία περιλαμβάνουν σκαλιστές προσόψεις, σκεύη, άμφια, εικόνες και χειρόγραφα. Το παλιό ρολόι, η αρχική λιθογραφική εκτύπωση του Α. Βεβελάκη και η ανάγλυφη πλάκα που χρονολογείται από το 1816 με απεικόνιση του δικέφαλου αετού (αυτό είναι και το παλαιότερο έκθεμα του μουσείου), είναι μερικά από τα αντικείμενα που θα προσελκύσουν την προσοχή σας.