Η ευρύτερη περιοχή του νομού είναι γεμάτη από απολιθωμένα κοχύλια, πεταλίδες, όστρακα, σφουγγάρια, κοράλλια, ψάρια και αχινούς. Πρόκειται για δισεκατομμύρια απολιθώματα που βρίσκονται σε υψόμετρο έως και 600 μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας. Δεν είναι, εξάλλου, τυχαίο που το σπήλαιο Γερανίου (χωριό 7,5 χιλιόμετρα από το Ρέθυμνο), με άφθονα παλαιοντολογικά ευρήματα, έχει χαρακτηριστεί ως η «Κνωσός της Παλαιοντολογίας στη Μεσόγειο».
Πιο συγκεκριμένα, το Ρέθυμνο είναι πλούσιο σε απολιθώματα ασπόνδυλων, (clypeaster) όπως τα εχινόδερμα (αχινοί), τα οποία ζούσαν κατά την Καινοζωική εποχή στην Κρήτη (χρονική περίοδος από 66 εκατομμύρια χρόνια πριν μέχρι σήμερα), σε όλους τους νομούς του νησιού. Όλα αυτά ζούσαν στη θάλασσα, γιατί, εκείνη την περίοδο, όλες εκείνες οι περιοχές ήταν θάλασσα. Σύμφωνα με τον επιμελητή του Παλαιοντολογικού Μουσείου Ρεθύμνου και γεωλόγο, κ. Βασίλη Σιμιτζή, «τα εχινόδερμα είναι πολύ χαρακτηριστικά για την περίοδο του Μειόκαινου (1η γεωλογική εποχή της Νεογενούς περιόδου που εκτείνεται από 23 εκατομμύρια έως 2,588 εκατομμύρια έτη πριν)».
Ο κ. Σιμιτζής έχει περιγράψει με γλαφυρό τρόπο τα απολιθώματα των ασπόνδυλων ζώων, τα οποία μάζευαν και απλοί άνθρωποι: «Είναι πανέμορφα απολιθώματα, έχουν μια δομή με μια μαργαρίτα από πέντε πέταλα και έτσι είναι όλα τα αχινοειδή. Ακόμα και αυτά που τρώμε σήμερα. Που είναι συμμετρικοί αχινοί έτσι και οι τότε αχινοί ήταν παρόμοιοι αλλά ασύμμετροι, είναι σαν πυραμίδες, έχουν μια βάση μεγάλη και πάνω εκεί διαμορφώνεται ένα σώμα και σχεδόν όλα μοιάζουν σαν αστέρια για αυτό και ο παλιοί άνθρωποι έλεγαν ότι βρήκαν ένα αστερία. Τα απολιθώματα μπορεί να βρίσκονται κατεστραμμένα μέσα στο ίδιο το πέτρωμα, όμως έχουν ισχυρό κέλυφος, γιατί το δέρμα τους ήταν με αγκάθια και πράγματι ενώ εμείς σήμερα τα βλέπουμε γυμνά όταν ζούσαν είχαν αγκάθια. Και από την πάνω και από τη κάτω όψη έχουν δώσει την δυνατότητα να τα συγκεντρώνουν σπίτια τους. Έχουμε συναντήσει ανθρώπους που τα έβαζαν ή σε παρτέρια, κάποιος τα είχε φυτέψει, ένας άλλος αιωνόβιος Κρητικός στο Καβούσι τα κρατούσε. Επειδή είναι εύκολο να τα χρησιμοποιήσει κανείς κάποιοι τα χρησιμοποιούσαν για να σπάσουν καρύδια, κάποιοι άλλοι τα έβαζαν για να στεριώσουν παραθυρόφυλλα π.χ.».
Υπάρχουν εκατομμύρια ασπόνδυλα, θαμμένα στα πετρώματα της Κρήτης. Ξεχωριστή είναι η ιστορία ενός απολιθωμένου δείγματος θαλάσσιου μαλακίου, του είδους Strombus, που έζησε στην Κρήτη, αρκετά εκατομμύρια χρόνια πριν. Ο ογδοντατριάχρονος, σήμερα, Καψάλης Γιώργος, βοσκός στο επάγγελμα, αλλά με ανήσυχο πνεύμα και αγάπη για την παλαιοντολογία από μικρή ηλικία, καταπιάστηκε με την τέχνη της ξυλογλυπτικής και της λιθοξοϊας. Πιστός συλλέκτης εκατοντάδων απολιθωμάτων διαφόρων ειδών σε πολύ καλή κατάσταση, τοποθετημένων με προσοχή στην αποθήκη του σπιτιού του, αποφάσισε να δωρίσει τη συλλογή του στο Μουσείο Φυσικής Ιστορίας.
Είναι, επίσης, σημαντικό να αναφερθούμε και στον πολύ γνωστό συλλέκτη απολιθωμάτων και ερασιτέχνη παλαιοντολόγο, κ. Πασχάλη Ζησίου, ο οποίος ζει μόνιμα στο Frechen της Γερμανίας και έχει πολυετή πείρα στο χώρο των απολιθωμάτων. Αφοσιωμένος μελετητής, διαθέτει στη συλλογή του περίπου 1000 απολιθωμένα κομμάτια και έχει συνεργαστεί επί δεκαετίες με πολλούς επιστήμονες της Παλαιοντολογίας και ειδικούς καθηγητές. Χάρη στον κ. Ζησίου, έχει γίνει γνωστός και έχει αναδειχθεί αυτός ο θαυμαστός αρχαιολογικός θησαυρός. Το 2016 είχε γίνει μια πολύ ενδιαφέρουσα έκθεση στο Παλαιοντολογικό Μουσείο Ρεθύμνου ενός μέρους της συλλογής του κ. Ζησίου από αμμωνίτες και αχινούς, το οποίο χάρισε στον κ. Βασίλη Σιμιτζή, ενώ το 2018 έγινε παρουσίαση απολιθωμένων ευρημάτων clypeaster στον ίδιο χώρο.
Στην έκθεση του Παλαιοντολογικού Μουσείου, παρουσιάζονται, επίσης, τα απολιθώματα θηλαστικών ζώων. Πολύμορφα ελάφια (ροπαλοφόρο ελάφι, Candiacervus ropalophorus), ενδημικοί ελέφαντες (νάνος ελέφαντας, Elephas creticus), και ο νάνος ιπποπόταμος (Hippopotamus creutzburgi) αποτελούν μέρος της μουσειακής συλλογής. Την εποχή στην οποία χρονολογούνται τα παραπάνω θηλαστικά, στο Ρέθυμνο κυκλοφορούσαν ελέφαντες, ιπποπόταμοι και πολλά ελάφια, ενώ η στάθμη της θάλασσας ήταν 120 μέτρα χαμηλότερη. Πρόκειται για την εποχή του Πλειστόκαινου (2.588.000 με 11.700 χρόνια περίπου πριν), όταν η Κρήτη είχε τις πρώτες επισκέψεις προγόνων του σημερινού ανθρώπου στα νότια παράλια, ενώ η πρώτη κατοίκηση έγινε από ανθρώπους που με τα πλοιάριά τους έφεραν τα ζώα και τα φυτά που είχαν εξημερώσει.
Είναι βέβαιο, ότι οι λάτρεις των εξερευνήσεων στον χρόνο και στο παρελθόν ενός τόπου, θα εκτιμήσουν βαθιά αυτά τα συγκλονιστικά ευρήματα, που ο ερχομός τους στο φως, η σχολαστική μελέτη, καθώς επίσης η αξιοποίηση και παρουσίασή τους στο μουσειακό περιβάλλον, έχει προσφέρει πληθώρα γνώσεων σχετικά με τη ζωή και τον πολιτισμό σε άλλοτε «δύσβατες» περιόδους.
